研究メモ。 タイトルについて日本語でざっくり書いてある記事がなかったので書いておきます。 Amberで温度圧力一定（NPT）のMDをする場合、圧力制御法は２つあって（Amber18現在）、Berendsen法とMonte Carlo（MC）法。 これらはMDのインプットでbarostat=1(…

（前の記事のつづき） 4. 一次試験の合格発表 一次の筆記試験の日から二週間たち、結果がwebで公開される日。 その日は朝から気になって、なんかふわふわしてました。 午後３時くらいに東大のHPにアクセスして、「一次審査の結果はこちら」のリンクをクリッ…

（中二病的妄想回） こんにちは、森野キートスです。 静かな雨が降ってる日曜日の朝。 空気がひんやりしていて気持ちいいですね。 もう９月ですもんね。 橘玲先生が『雨の降る日曜は幸福について考えよう』とか言われていたのをふと思い出しました。 雨の降…

皆さま、こんにちは。森野キートスです。 なんか涼しくなりましたね。 おかげで夏バテも治ってとても気分がいいので、こんな日は昔の思い出でもつらつらと書いてみようと思います。 これから大学院に入る人の役に立ったりしたらいいなとか思いながら。 地元…

研究メモ。 今日はAmberのCPPTRAJでタンパク質の二次構造を調べたい。 二次構造とはαヘリックスやβシートなどのこと。 参考 Amber16のマニュアル http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf 状況 例えばあるタンパクのフォールディングをMDシミュレーションでや…

『お金持ちになれる黄金の羽根の拾い方2015 知的人生設計のすすめ』 読みました。 お金持ちになれる黄金の羽根の拾い方2015 知的人生設計のすすめ 作者: 橘玲 出版社/メーカー: 幻冬舎 発売日: 2014/09/26 メディア: 単行本 この商品を含むブログ (8件) を見…

歯のクリーニングに行ってきました。 こうゆうのってやっぱ行きたくないですよね。 行った方がいいんだけど行きたくない。 そしてそういうときってだいたい行った方がいいですよね。歯医者に限らず。 そこでちゃんと行けるかどうか、自分の行きたくないって…