2018-06-01から1ヶ月間の記事一覧

歯医者さんがこわくてずっとムダにハミガキしてたぼくの話

歯のクリーニングに行ってきました。 こうゆうのってやっぱ行きたくないですよね。 行った方がいいんだけど行きたくない。 そしてそういうときってだいたい行った方がいいですよね。歯医者に限らず。 そこでちゃんと行けるかどうか、自分の行きたくないって…

自動改札を無視して電車にタダ乗りするというパワープレイに心がざわついた夏の日

今日、自動改札を無視する人を見た。 私は通勤に電車を使っている。 いつものように乗り換えの駅の改札を通ると、すぐ後ろでドガッと音がした。 振り返ると自動改札がピンポーンとなっている。 誰かが自動改札に止められたのだろうと思った。 しかし改札の方…

AmberのCPPTRAJでクラスター解析する方法

研究メモ。 参考 CPPTRAJ Combined Cluster Analysis Example Tutorial ambermd.org/doc12/Amber14.pdf クラスタリングとは、ざっくり言うと構造のグループ分けのこと。 それではAmber付属のCPPTRAJでクラスタリングする例の日本語解説をしてみる。 ステップ…

AmberのCPPTRAJで水素結合を調べる方法

研究メモ。 AmberでMDやった後、CPPTRAJで解析したいとき 参考: CPPTRAJ Hydrogen Bond Analysis Tutorial http://ambermd.org/doc12/Amber14.pdf (Amber14のマニュアル。重い…) とりあえず水素結合ってのはタンパク質の構造にとって重要で、FON(フッ素・…