（前の記事のつづき） 4. 一次試験の合格発表 一次の筆記試験の日から二週間たち、結果がwebで公開される日。 その日は朝から気になって、なんかふわふわしてました。 午後３時くらいに東大のHPにアクセスして、「一次審査の結果はこちら」のリンクをクリッ…

皆さま、こんにちは。森野キートスです。 なんか涼しくなりましたね。 おかげで夏バテも治ってとても気分がいいので、こんな日は昔の思い出でもつらつらと書いてみようと思います。 これから大学院に入る人の役に立ったりしたらいいなとか思いながら。 地元…

研究メモ。 今日はAmberのCPPTRAJでタンパク質の二次構造を調べたい。 二次構造とはαヘリックスやβシートなどのこと。 参考 Amber16のマニュアル http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf 状況 例えばあるタンパクのフォールディングをMDシミュレーションでや…

研究メモ。 参考 CPPTRAJ Combined Cluster Analysis Example Tutorial ambermd.org/doc12/Amber14.pdf クラスタリングとは、ざっくり言うと構造のグループ分けのこと。 それではAmber付属のCPPTRAJでクラスタリングする例の日本語解説をしてみる。 ステップ…

研究メモ。 AmberでMDやった後、CPPTRAJで解析したいとき 参考： CPPTRAJ Hydrogen Bond Analysis Tutorial http://ambermd.org/doc12/Amber14.pdf (Amber14のマニュアル。重い…) とりあえず水素結合ってのはタンパク質の構造にとって重要で、FON（フッ素・…