大学院入試と学歴ロンダリングといつかの夏の終わり

研究入試

皆さま、こんにちは。森野キートスです。なんか涼しくなりましたね。おかげで夏バテも治ってとても気分がいいので、こんな日は昔の思い出でもつらつらと書いてみようと思います。これから大学院に入る人の役に立ったりしたらいいなとか思いながら。地元…

2018-08-17

AmberのCPPTRAJで二次構造を調べる方法

研究

研究メモ。今日はAmberのCPPTRAJでタンパク質の二次構造を調べたい。二次構造とはαヘリックスやβシートなどのこと。参考 Amber16のマニュアル http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf 状況例えばあるタンパクのフォールディングをMDシミュレーションでや…

2018-07-21

『お金持ちになれる黄金の羽根の拾い方2015』はすごかったのでざっくりまとめてみた

『お金持ちになれる黄金の羽根の拾い方2015 知的人生設計のすすめ』読みました。お金持ちになれる黄金の羽根の拾い方2015 知的人生設計のすすめ作者: 橘玲出版社/メーカー: 幻冬舎発売日: 2014/09/26 メディア: 単行本この商品を含むブログ (8件) を見…

2018-06-20

歯医者さんがこわくてずっとムダにハミガキしてたぼくの話

人生

歯のクリーニングに行ってきました。こうゆうのってやっぱ行きたくないですよね。行った方がいいんだけど行きたくない。そしてそういうときってだいたい行った方がいいですよね。歯医者に限らず。そこでちゃんと行けるかどうか、自分の行きたくないって…

2018-06-19

自動改札を無視して電車にタダ乗りするというパワープレイに心がざわついた夏の日

人生

今日、自動改札を無視する人を見た。私は通勤に電車を使っている。いつものように乗り換えの駅の改札を通ると、すぐ後ろでドガッと音がした。振り返ると自動改札がピンポーンとなっている。誰かが自動改札に止められたのだろうと思った。しかし改札の方…

2018-06-15

AmberのCPPTRAJでクラスター解析する方法

研究

研究メモ。参考 CPPTRAJ Combined Cluster Analysis Example Tutorial ambermd.org/doc12/Amber14.pdf クラスタリングとは、ざっくり言うと構造のグループ分けのこと。それではAmber付属のCPPTRAJでクラスタリングする例の日本語解説をしてみる。ステップ…

2018-06-01

AmberのCPPTRAJで水素結合を調べる方法

研究

研究メモ。 AmberでMDやった後、CPPTRAJで解析したいとき参考： CPPTRAJ Hydrogen Bond Analysis Tutorial http://ambermd.org/doc12/Amber14.pdf (Amber14のマニュアル。重い…) とりあえず水素結合ってのはタンパク質の構造にとって重要で、FON（フッ素・…