研究生活
研究室の建物を出ると、夕焼けで空がオレンジ色に染まっていた。 人がまばらになったキャンパスで、学生の男女が二人楽しそうに歩いていた。 男の子が何か言うと、女の子が笑って男の子の腕を叩いた。 男の子は大げさに痛がって、それから女の子と手をつない…
科学論文を読むということをどれくらいの人がするのだろうか。 本屋でたまたま手に取った本をみていると、ふとそう思った。 アメリカ人の医師が書いたというその食事に関する本には（まるで僕らが普段目にする専門書みたいに）10ページ近い参考文献リストが…
（指導教員への圧倒的感謝をこめて） 「そうですか、お名前は？」 「森野といいます！」 そのときぼくは、居酒屋の個室の前で、ひっしに自己紹介をしていた。 部屋の中には先生たちがたくさんいて、一番奥の先生は学会の会長をしているそうだ。 ぼくのとなり…
「何で大学院に行ってるんですか？」 はじめて行った街コンで、出会った彼女はそう言った。 「何でって…研究が楽しいから」 ぼくはそう答えた。 「ふぅん。どんな研究してるの？」 「薬を作る研究。抗がん剤とか」 ほんとはぼくの研究はもっと基礎的なもので…
（このブログの紹介記事です） はじめまして、森野キートスです。 ぼくがはじめて研究者になりたいと思ったのは、大学３年生のある日のことでした。 その日はあたたかく晴れていて、大学の食堂で昼ごはんを食べたあと、先生の部屋に向かいました。 ぼくの学…
世界の主要国で博士号取得者の数が増え続けている。 そんな中、「優秀な学生がどうしてお金を借りてまで博士課程にいき、博士号を取ろうとするのかわからない」という海外の記事を見かけた。 企業に就職すれば、研究をしながら高い給料がもらえるのに、とい…
こんばんは、森野キートスです。 急に寒くなってきましたね。 長袖を引っ張り出した今日この頃ですが、みなさまいかがお過ごしでしょうか。 僕は最近少しカレーを食べ過ぎました。 カレーにフォークはありです（後悔）— 森野キートス (@ki1tos) 2018年9月16…
こんばんは、森野キートスです。 いま外で鈴虫が鳴いてます。秋ですね。 涼しい秋の夜長、みなさまいかがお過ごしでしょうか。 僕はさっきまで靴を磨いてまして、防水スプレーをかけたら少し吸ってしまってちょっと気持ちが悪いです、あぁ脳が震える。 本日…
研究メモ。 タイトルについて日本語でざっくり書いてある記事がなかったので書いておきます。 Amberで温度圧力一定（NPT）のMDをする場合、圧力制御法は２つあって（Amber18現在）、Berendsen法とMonte Carlo（MC）法。 これらはMDのインプットでbarostat=1(…
（前の記事のつづき） www.ki1tos.com 4. 一次試験の合格発表 一次の筆記試験の日から二週間たち、結果がwebで公開される日。 その日は朝から気になって、なんかふわふわしてました。 午後３時くらいに東大のHPにアクセスして、「一次審査の結果はこちら」の…
ただの思い出。 皆さま、こんにちは。森野キートスです。 なんか涼しくなりましたね。 おかげで夏バテも治ってとても気分がいいので、こんな日は昔の思い出でもつらつらと書いてみようと思います。 これから大学院に入る人の役に立ったりしたらいいなとか思…
研究メモ。 今日はAmberのCPPTRAJでタンパク質の二次構造を調べたい。 二次構造とはαヘリックスやβシートなどのこと。 参考 Amber16のマニュアル http://ambermd.org/doc12/Amber16.pdf 状況 例えばあるタンパクのフォールディングをMDシミュレーションでや…
研究メモ。 参考 CPPTRAJ Combined Cluster Analysis Example Tutorial ambermd.org/doc12/Amber14.pdf クラスタリングとは、ざっくり言うと構造のグループ分けのこと。 それではAmber付属のCPPTRAJでクラスタリングする例の日本語解説をしてみる。 ステップ…
研究メモ。 AmberでMDやった後、CPPTRAJで解析したいとき 参考： CPPTRAJ Hydrogen Bond Analysis Tutorial http://ambermd.org/doc12/Amber14.pdf (Amber14のマニュアル。重い…) とりあえず水素結合ってのはタンパク質の構造にとって重要で、FON（フッ素・…
